فعالیت‌های پژوهشی دفتر تبلیغات اسلامی حوزۀ علمیۀ قم، شعبۀ اصفهان، به‌صورت رسمی، از سال ۱۳۸۲شمسی، در قالب «معاونت پژوهشی» آغاز شد. بسترسازی برای انجام فعالیت‌های پژوهشی حوزویان و پژوهشگران اصفهان، توسعه و ترویج فرهنگ پژوهش، انجام طرح‌های پژوهشی با اتکا به منابع دانشور مراکز علمی اصفهان، ارائۀ خدمات علمی‌پژوهشی به علاقه‌مندان و نیز پاسخ‌گویی به نیازها و مطالبات پژوهشی مخاطبان در حوزۀ علوم و معارف اسلامی، در زمرۀ اهداف آغازین تأسیس این معاونت بوده است. با روند توسعۀ فعالیت‌های پژوهشی و قریب یک دهه انباشت دانش و تجربۀ سازمانی در این مسیر و نیز تغییر رویکرد دفتر تبلیغات اسلامی از کارکردمحوری به مسئله‌محوری، ساختار معاونت به «پژوهشکدۀ الهیات و خانواده» تغییر یافت تا کوشش‌های علمی و دانشی آن به‌صورتی نظام‌مند ذیل پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی سامان یابد. مأموریت این پژوهشکده «انجام پژوهش‌ها و فعالیت‌های علمی مرتبط با مسائل خانواده مبتنی بر معارف و اندیشه‌های اسلامی با رویکرد حکمرانی» است که هم‌اکنون در قالب کلان‌برنامۀ «پایداری و کارآمدی خانواده مبتنی بر تعالیم اسلامی» دنبال می‌شود. افزون بر این، «مطالعه و پژوهش در حوزۀ الهیات تطبیقی» نیز در زمرۀ مأموریت‌های این پژوهشکده است.